Catalogue d’Enzymes

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Codes d'ambiguïté

n
A ou C ou G ou T (n'importe quel)
b
C ou G ou T (pas A)
d
A ou G ou T (pas C)
h
A ou C ou T (pas G)
v
A ou C ou G (pas T)
w
A ou T (faible)
s
C ou G (forte)
r
A ou G (purine)
y
C ou T (pyrimidine)
m
A ou C (amino)
k
G ou T (céto)

Nom	Séquence ?	Extrémité	Propriétés ?	Isoschizomère
Aat II	G↑ACGT↓C	3′ ACGT	37° IV 65° CpG FcB	ZraI*
Acc I	GT↓MK↑AC	5′ MK	37° IV 80° CpG FcB	Bsh1236I, BspFNI, BstFNI, BstUI, MvnI
Acc III	T↓CCGG↑A	5′ CCGG	65° AccIII No Dam	Aor13HI, BseAI, Bsp13I, BspEI, Kpn2I, MroI
Acu I	CTGAAGN₁₄↑NN↓	3′ NN	37° IV 65° FcB	Eco57I
Afl II	C↓TTAA↑G	5′ TTAA	37° IV 65° FcB	BfrI, BspTI, BstAFI, MspCI, Vha464I
Age I	A↓CCGG↑T	5′ CCGG	37° IV 65° CpG FcB	AsiGI, BshTI, CspAI, PinAI
Alw I	GGATCNNNN↓N↑	5′ N	37° IV No Dam FcB	AclWI, BspPI
Alw26 I	GTCTCN↓NNNN↑	5′ NNNN	37° IV 65° CpG FcB	BcoDI, BsmAI, BstMAI
Apa I	G↑GGCC↓C	3′ GGCC	25° IV 65° CpG Dcm FcB	Bsp120I, PspOMI
ApaL I	G↓TGCA↑C	5′ TGCA	37° IV No CpG FcB	Alw44I, VneI
Apo I	R↓AATT↑Y	5′ AATT	50° III 80° FcB	AcsI, XapI
Asc I	GG↓CGCG↑CC	5′ CGCG	37° IV 65° CpG FcB	PalAI, SgsI
Ava I	C↓YCGR↑G	5′ YCGR	37° IV 80° CpG FcB	Ama87I, BmeT110I, BsiHKCI, BsoBI, Eco88I
Ava II	G↓GWC↑C	5′ GWC	37° IV 80° CpG Dcm FcB	Bme18I, Eco47I, SinI, VpaK11BI
Avr II	C↓CTAG↑G	5′ CTAG	37° IV 80° FcB	AspA2I, BlnI, XmaJI
Bal I	TGG⇅CCA	Blunt	37° BalI 65° Dcm	MlsI, MluNI, Mox20I, MscI, Msp20I
BamH I	G↓GATC↑C	5′ GATC	37° BamHI No FcB	-
Bcl I	T↓GATC↑A	5′ GATC	50° III No Dam FcB	FbaI, Ksp22I
Bgl I	GCCN↑NNN↓NGGC	3′ NNN	37° III 65° CpG FcB	-
Bgl II	A↓GATC↑T	5′ GATC	37° III No FcB	-
Bsa I	GGTCTCN↓NNNN↑	5′ NNNN	37° IV 65° CpG Dcm FcB	Bso31I, BspTNI, Eco31I
BsaW I	W↓CCGG↑W	5′ CCGG	60° IV 80° FcB	-
BsiW I	C↓GTAC↑G	5′ GTAC	55° III 80° CpG FcB	Pfl23II, PspLI
BsmB I	CGTCTCN↓NNNN↑	5′ NNNN	55° III 80° CpG FcB	Esp3I
BsoB I	C↓YCGR↑G	5′ YCGR	37° IV 80° FcB	Ama87I, AvaI, BmeT110I, BsiHKCI, Eco88I
BspE I	T↓CCGG↑A	5′ CCGG	37° III 80° CpG Dam FcB	AccIII, Aor13HI, BseAI, Bsp13I, Kpn2I, MroI
BsrF I	R↓CCGG↑Y	5′ CCGG	37° IV No CpG FcB	Bse118I, BssAI, Cfr10I
BstY I	R↓GATC↑Y	5′ GATC	60° II 80° FcB	BstX2I, MflI, PsuI
BtsC I	GGATG↑NN↓	3′ NN	50° IV 80° FcB	BseGI, BstF5I, FokI*
Cfr10 I	R↓CCGG↑Y	5′ CCGG	37° Cfr10I No CpG FcB	Bse118I, BsrFI, BssAI
Cfr42 I	CC↑GC↓GG	3′ GC	37° I 65° CpG FcB	KspI, SacII, Sfr303I, SgrBI
Cfr9 I	C↓CCGG↑G	5′ CCGG	37° III 65° CpG	SmaI*, TspMI, XmaI
Cla I	AT↓CG↑AT	5′ CG	37° IV 65° CpG Dam FcB	Bsa29I, BseCI, BshVI, BspDI, Bsu15I, BsuTUI
CviA I	↓GATC↑	5′ GATC	37° IV 65° Dam FcB	-
Dde I	C↓TNA↑G	5′ TNA	37° III 65° FcB	BstDEI, HpyF3I
Dpn I	GA⇅TC	Blunt	37° IV 80° FcB	MalI
Dpn II	↓GATC↑	5′ GATC	37° DpnII 65° Dam FcB	Bsp143I, BssMI, BstKTI*, BstMBI, Kzo9I, MboI, NdeII, Sau3AI
Dra I	TTT⇅AAA	Blunt	37° IV 65° FcB	-
Eag I	C↓GGCC↑G	5′ GGCC	37° III 65° CpG FcB	BseX3I, BstZI, EclXI, Eco52I
Eco47 I	G↓GWC↑C	5′ GWC	37° III 65° CpG Dcm FcB	AvaII, Bme18I, SinI, VpaK11BI
EcoN I	CCTNN↓N↑NNAGG	5′ N	37° IV 65° FcB	BstENI, XagI
EcoO109 I	RG↓GNC↑CY	5′ GNC	37° IV 65° Dcm FcB	-
EcoR I	G↓AATT↑C	5′ AATT	37° EcoRI 65° CpG FcB	-
EcoR V	GAT⇅ATC	Blunt	37° III 65° CpG FcB	Eco32I
EcoT38 I	G↑RGCY↓C	3′ RGCY	37° IV 65° FcB	BanII, Eco24I, FriOI
Esp3 I	CGTCTCN↓NNNN↑	5′ NNNN	37° IV 65° CpG FcB	BsmBI
Fok I	GGATGN₉↓NNNN↑	5′ NNNN	37° IV 65° CpG Dcm FcB	BseGI, BstF5I, BtsCI*
Fsp I	TGC⇅GCA	Blunt	37° IV 65° CpG FcB	Acc16I, NsbI
Hae II	R↑GCGC↓Y	3′ GCGC	37° IV 80° CpG FcB	BfoI, BstH2I
Hae III	GG⇅CC	Blunt	37° IV 80° FcB	BshFI, BsnI, BimgI, BsuRI
Hga I	GACGCN₅↓NNNNN↑	5′ NNNNN	37° I 65° CpG FcB	CseI
Hinc II	GTY⇅RAC	Blunt	37° IV 65° CpG FcB	HindII
XmaI	C↓CCGG↑G	5′ CCGG	37° IV 65° CpG FcB	Cfr9I, SmaI*, TspMI
Hind II	GTY⇅RAC	Blunt	37° II 65° CpG FcB	HincII
Hind III	A↓AGCT↑T	5′ AGCT	37° II 80° FcB	-
Hinf I	G↓ANT↑C	5′ ANT	37° IV 80° CpG FcB	-
HinP1 I	G↓CG↑C	5′ CG	37° II 65° CpG FcB	AspLEI, BstHHI, CfoI, HhaI, Hin6I, HspAI
Hpa I	GTT⇅AAC	Blunt	37° IV No CpG FcB	KspAI
Hpa II	C↓CG↑G	5′ CG	37° IV 80° CpG FcB	BsiSI, HapII, MspI
Hph I	GGTGAN₇↑N↓	3′ N	37° IV 65° Dam FcB	AsuHPI
Hpy188 I	TC↑N↓GA	3′ N	37° IV 65° Dam FcB	-
Hpy99 I	↑CGWCG↓	3′ CGWCG	37° IV 65° CpG FcB	-
HpyCH4 V	TG⇅CA	Blunt	37° IV 65° FcB	HpySE526I, MaeII, TaiI*
Kpn I	G↑GTAC↓C	3′ GTAC	37° I No FcB	Acc65I, Asp718I
Kpn2 I	T↓CCGG↑A	5′ CCGG	55° I 80° CpG FcB	AccIII, Aor13HI, BseAI, Bsp13I, BspEI, MroI
Lsp1109 I	GCAGCN₈↓NNNN↑	5′ NNNN	37° III 65° FcB	BbvI, BseXI, BstV1I
Mbo I	↓GATC↑	5′ GATC	37° III 65° CpG Dam FcB	Bsp143I, BssMI, BstKTI*, BstMBI, DpnII, Kzo9I, NdeII, Sau3AI
Mbo II	GAAGAN₇↑N↓	3′ N	37° II 65° Dam FcB	-
Mlu I	A↓CGCG↑T	5′ CGCG	37° III 65° CpG FcB	-
Xho I	C↓TCGA↑G	5′ TCGA	37° IV 80° CpG FcB	PaeR7I, Sfr274I, SlaI
Mnl I	CCTCN₆↑N↓	3′ N	37° II 65° FcB	-
Mse I	T↓TA↑A	5′ TA	37° IV 65° FcB	SaqAI, Tru1I, Tru9I
Msp I	C↓CG↑G	5′ CG	37° IV No FcB	BsiSI, HapII, HpaII
MspA1 I	CMG⇅CKG	Blunt	37° IV 65° CpG FcB	-
Mun I	C↓AATT↑G	5′ AATT	37° II 65° FcB	MfeI
Nae I	GCC⇅GGC	Blunt	37° I 65° CpG FcB	MroNI, NgoMIV, PdiI
Nco I	C↓CATG↑G	5′ CATG	37° III 65° FcB	Bsp19I
Nde I	CA↓TA↑TG	5′ TA	37° IV 65° FcB	FauNDI
NgoM IV	G↓CCGG↑C	5′ CCGG	37° IV 80° CpG FcB	MroNI, NaeI, PdiI
Nhe I	G↓CTAG↑C	5′ CTAG	37° II 65° CpG FcB	AsuNHI, BmtI, BspOI
Nla IV	GGN⇅NCC	Blunt	37° IV 65° CpG Dcm FcB	BmiI, BspLI, PspN4I
Not I	GC↓GGCC↑GC	5′ GGCC	37° III 65° CpG FcB	CciNI
Nru I	TCG⇅CGA	Blunt	37° III 65° CpG Dam FcB	Bsp68I, BtuMI, RruI
Nt.BstNB I	GAGTCNNNN↓	Nicht vorhanden	55° III 80° FcB	-
PaeR7 I	C↓TCGA↑G	5′ TCGA	37° IV No CpG FcB	Sfr274I, SlaI, XhoI
PflM I	CCAN↑NNN↓NTGG	3′ NNN	37° III 65° Dcm FcB	AccB7I, Van91I
Ple I	GAGTCNNNN↓N↑	5′ N	37° IV 65° CpG FcB	MlyI, PpsI, SchI
PluT I	G↑GCGC↓C	3′ GCGC	37° IV 65° CpG FcB	DinI, EgeI, EheI, KasI, SfoI
PspG I	↓CCWGG↑	5′ CCWGG	37° IV No Dcm	AjnI, BciT130I, BseBI, BstNI, Bst2UI, EcoRII, MvaI*, Psp6I
Pst I	C↑TGCA↓G	3′ TGCA	37° III 80° FcB	BspMAI
Xba I	T↓CTAG↑A	5′ CTAG	37° IV 65° Dam FcB	-
Tth111 I	GACN↓N↑NGTC	5′ N	65° IV No FcB	PflFI, PsyI
TspM I	C↓CCGG↑G	5′ CCGG	75° IV No CpG FcB	Cfr9I, SmaI*, XmaI
Taq I	T↓CG↑A	5′ CG	65° III 80° Dam FcB	-
Swa I	ATTT⇅AAAT	Blunt	25° III 65° FcB	SmiI
Pvu I	CG↑AT↓CG	3′ AT	37° III No CpG FcB	Ple19I
Pvu II	CAG⇅CTG	Blunt	37° II No FcB	-
Rsa I	GT⇅AC	Blunt	37° IV 65° CpG FcB	AfaI, Csp6I, CviQI, RsaNI*
Sac I	G↑AGCT↓C	3′ AGCT	37° I 65° FcB	Ecl136II, EcoICRI, Eco53kI*, Psp124BI, SstI
Sac II	CC↑GC↓GG	3′ GC	37° IV 65° CpG FcB	Cfr42I, KspI, Sfr303I, SgrBI
Sal I	G↓TCGA↑C	5′ TCGA	37° III 65° CpG FcB	-
Sau96 I	G↓GNC↑C	5′ GNC	37° IV 80° CpG Dcm FcB	AspS9I, BmgT120I, Cfr13I, PspPI
Sbf I	CC↑TGCA↓GG	3′ TGCA	37° IV 80° FcB	SdaI, Sse8387I
Sca I	AGT⇅ACT	Blunt	37° III 80° FcB	ZrmI
Sda I	CC↑TGCA↓GG	3′ TGCA	37° IV 80° FcB	SbfI, Sse8387I
Sfi I	GGCCN↑NNN↓NGGCC	3′ NNN	50° II No CpG Dcm FcB	-
SgrA I	CR↓CCGG↑YG	5′ CCGG	37° IV 65° CpG FcB	-
Sma I	CCC⇅GGG	Blunt	25° IV 65° CpG FcB	Cfr9I, TspMI, XmaI*
SnaB I	TAC⇅GTA	Blunt	37° IV 80° CpG FcB	BstSNI, Eco105I
Spe I	A↓CTAG↑T	5′ CTAG	37° IV 80° FcB	AhlI, BcuI
Sph I	G↑CATG↓C	3′ CATG	37° II 65° FcB	PaeI
Sse9 I	↓AATT↑	5′ AATT	55° I 65° FcB	MluCI, TasI
Ssp I	AAT⇅ATT	Blunt	37° IV 65° FcB	-
Stu I	AGG⇅CCT	Blunt	37° IV 65° Dcm FcB	Eco147I, PceI, SseBI
StyD4 I	↓CCNGG↑	5′ CCNGG	37° IV 65° CpG Dcm FcB	Bme1390I, BmrFI, BstSCI, MspR9I, ScrFI

Double digestion − Tableau de compatibilité des Tampons

Réaliser deux digestions en même temps fait gagner beaucoup de temps.

Vérifier la compatibilité des tampons dans le Tableau FastGene^® de Double Digestion :

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Endonucléases de Restriction

Qu’est-ce que sont des Enzymes de Restriction ?

Les enzymes de restriction coupent l’ADN double brin à un site de reconnaissance spécifique ou à proximité. Ces enzymes sont classées en 4 types, par rapport à la structure de leurs sous-unités, leur besoin en cofacteurs et leur spécificité de clivage.

3 000 enzymes de restriction différentes ont été découvertes, reconnaissant plus de 230 séquences ADN distinctes. Ces enzymes sont régulièrement utilisés dans le monde entier pour modifier l’ADN, ce sont des outils indispensables de clonage moléculaire.

Contexte historique

Les bases de la recherche sur les enzymes de restriction remontent aux travaux de Luria et de ses collègues, dans les années 1950 [1]. Luria a observé que le bactériophage λ pouvait bien se développer dans une souche d’E.coli (e.g. E.coli C), mais souvent très mal dans une autre souche d’E.coli (e.g. E.coli K). La cellule hôte (E.coli K) était connue comme l’hôte de restriction et semble avoir la capacité de réduire l’activité biologique du phage λ.

La première mention du terme « Enzyme de restriction » remonte aux années 1960 dans les laboratoires d’Arber et de Meselson. Ils ont découvert que la restriction est causée par un clivage enzymatique de l’ADN du phage. L’enzyme impliquée dans ce processus était appelée « enzyme de restriction » [2, 3]. Les enzymes de restriction étudiées par Arber et Meselson étaient des enzymes de restriction de type I, qui coupent l’ADN à des sites aléatoires loin de la séquence de reconnaissance.

En 1970, Smith et ses collaborateurs ont isolé et décrit la première enzyme de restriction de type II, Hind II [4]. Les enzymes de restriction de type II sont beaucoup plus utiles pour les travaux de laboratoire, car elles clivent l’ADN sur le site de leur séquence de reconnaissance. En raison de son importance pour la biologie moléculaire, Smith, Arber et Nathans ont partagé le prix Nobel de Médecine et de Physiologie de 1978 pour leur découverte des enzymes de restriction et leur application à la génétique moléculaire.

Séquences de reconnaissance

Toutes les endonucléases de restriction reconnaissent une séquence d’ADN spécifique. La séquence de reconnaissance est généralement entièrement ou partiellement palindromique, signifiant que la séquence reconnue est identique dans les deux sens. Les enzymes de restriction peuvent couper de l’ADN double brin, soit au centre des deux brins pour produire des « extrémités franches » ou à une position décalée laissant des chevauchements appelés « extrémités cohésives ».

Différentes Types d’enzymes de restriction

Basés sur la structure, le besoin en cofacteurs et leur spécificité de clivage, il y a quatre types d’enzymes de restriction (Types I, II, III, et IV).

Les enzymes de Type I coupent l’ADN sur un site aléatoire, loin de la séquence de reconnaissance. Ces enzymes ont besoin d’ATP et de SAM (S-adénosyl-L-méthionine) pour fonctionner.

Les enzymes de Type II coupent l’ADN dans ou près de la séquence de reconnaissance. Ces enzymes ne requièrent pas d’ATP et sont indépendantes de méthylase. Le enzymes de type II sont les endonucléases de restriction les plus utiles pour le travail de laboratoire. Toutes nos enzymes de restriction NIPPON Genetics EUROPE sont de type II.

Les enzymes de Type III coupent l’ADN à environ 20-25 paires de bases de la séquence de reconnaissance. Elles ont besoin d’ATP et de SAM pour fonctionner.

Les enzymes de Type IV coupent uniquement de l’ADN modifié, classiquement de l’ADN méthylé. Et ce, contrairement aux types I à III qui sont généralement inhibées par la méthylation.

Double Digestion

Un vecteur et un insert d’ADN peuvent être clonés par clivage avec deux enzymes de restriction différentes, générant ainsi deux extrémités de restriction différentes. Cette stratégie empêche le vecteur d’être ligué sans insert, entraînant une grande réduction de l’auto-ligation et une augmentation de l’efficacité de clonage. La plupart de nos enzymes de restriction sont 100 % actives dans le tampon FastCut, ce qui rend la double digestion très simple. Consultez le Tableau Double Digest pour faire une double digestion avec les quatre tampons standards.

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Activité du Tampon Unique FastGene^®

Nippon Genetics fournit quatre tampons standards qui soutiennent au maximum l’activité de chaque enzyme de restriction dans le tampon fourni avec l’enzyme. Cependant, certaines endonucléases de restriction nécessitent un tampon unique pour une activité maximale. Consultez le Tableau Double Digest pour sélectionner un tampon de double digestion si une enzyme de restriction nécessite un tampon unique. Les activités (%) des endonucléases de restriction les plus couramment utilisées sont listées pour les cinq tampons uniques FastGene® pour respectivement EcoR I, BamH l, Acc III, Bal I et Dpn Il. Une enzyme de restriction, si elle est active dans l’un des quatre tampons standards, est habituellement active dans un tampon unique. Il est donc possible d’effectuer une double digestion dans un tampon unique particulier. Si l’efficacité de la digestion est faible à cause du tampon sous-optimal, augmentez la quantité d’endonucléases de restriction ou incubez pendant un temps plus long.

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Références

[1] Luria and Human (1952) A nonhereditary, host-induced variation of bacterial viruses. J Bacteriol., 557-569.

[2] Arber and Linn (1969) DNA modification and restriction. Annu Rev Biochem., 467-500.

[3] Meselson and Yuan (1968) DNA restriction enzyme from E. coli. Nature, 1110-1114

[4] Smith and Wilcox (1970) A restriction enzyme from Hemophilus influenzae. I. Purification and general properties. J Mol Biol., 379-391.