FastGene RNA Basic Kit

Details

Neuer Level von RNA Reinheit

Die FastGene^® RNA Kits wurden entwickelt für die schnelle, effiziente und gründliche Aufreinigung von RNA aus Gewebe und Zellen. Die auf Silika basierende Technology benötigt keine Phenole zur Aufreinigung. Es gibt zwei verschiedene Versionen der FastGene® RNA Kits. Das FastGene® RNA Basic Kit ist ideal für eine RNA Aufreinigung bei der geringe Mengen von mitaufgereinigter DNA nicht wesentlich sind. Das FastGene® RNA Premium Kit garantiert eine komplete Beseitigung der genomischen DNA.

Höchste Qualität der RNA

Die FastGene^® RNA Kits liefern eine hochgradige RNA Qualität. Die Qualität der RNA wird bestimmt durch die sogenannte RIN (RNA Integrity Number). Nach Angabe des Agilent Bioanalyzer Herstellers kann von der RIN auf die Unversehrtheit der RNA geschlossen werden. Hochqualitative RNA zeichnet sich durch eine RIN größer 8 aus, wobei 10 der Maximalwert ist. Die mit Hilfe der FastGene® RNA Basic und Premium Kits aufgereinigte RNA hat einen vergleichbaren Wert wie der Marktführer (siehe Bild 1). Demnach ist die RNA eine optimale Ausgangsbasis für Nachfolgeapplikationen, wie reverse Transkription.

Bild 1: RNA Qualitätsbestimmung mittels eines Agilent Bioanalyzer. Die FastGene^® RNA Kits liefern reproduzierbar eine hochqualitative RNA.

Hohe Ausbeuten

Es ist essentiell eine hohe RNA Ausbeute durch die RNA Aufreinigung zu erhalten. Die FastGene^® RNA Basic und Premium Kits liefern sehr hohe RNA Gesamterträge und ermöglichen somit mehrere verschiedene Analysen nur mit einer einzigen RNA Aufreinigung. Verglichen mit dem Marktführer erzielen die FastGene^® RNA Kits aufgrund ihres optimierten Aufreinigungsprotokolls eine höhere Ausbeute.

Bild 2: Gesamtertrag von Nukleinsäuren in µg. Die FastGene^® RNA Kits liefern sehr hohe Ausbeuten.

Sehr schnelle Prozedur

Das FastGene^® RNA Basic Kit zeichnet sich durch eine sehr schnelle und einfache Prozedur aus, optimal für eine große Probenanzahl. Zudem wurde für große Ausgangsmengen ein angepasstes Protokoll  entwickelt. Im Falle von stetig hohen Ausgangsmengen kann der notwendige Puffer separat anstatt eines gesamten neuen Kits nachbestellt werden.

Die Gefahr durch genomische DNA

Eine Kontamination durch genomische DNA ist bei der RNA Aufreinigung niemals ganz auszuschließen. Diesem Problem wurde mit vielen Lösungsansätzen begegnet: Primerdesign für Exon-Exon Bindungen, welche die Amplifizierung von Introns enthaltender genomischer DNA nicht erlauben und/oder die Behandlung der aufgereinigten RNA mit DNase, einem Enzym, das spezifisch DNA degradiert. Dieser Schritt muss gut optimiert sein, da die Behandlung mit DNase auch zur Degradation von RNA führen kann.

Optimale DNA Degradation für äußerst reine RNA

Viele RNA Aufreinigungskits führen die DNA Degradation auf der Silikamembran durch. Jedoch ist dieser Schritt sehr viel effizienter, wenn er in einer Lösung stattfindet. Der DNA Degradationsschritt findet beim FastGene^® RNA Premium Kit nach der Elution der Nukleinsäuren von der Silikamembran statt. Die Kontamination mit genomischer DNA wurde mittels qPCR Assays analysiert. Für genomische DNA spezifische Primer wurden zum Nachweis einer genomischen DNA Kontamination genutzt. Die Aufreinigung mit dem RNA Isolation Kit des Mitbewerbers Q zeigte bei der Analyse von verschiedenen Aufreinigungen eine Variabilität der DNA Kontamination (siehe Bild 4). Im Vergleich zu dem FastGene^® RNA Premium Kit wurde ein viel früherer Cq-Wert ermittelt.

Bild 3: Detektion genomischer DNA mittels qPCR. Die mit dem Kit des Mitbewerbers Q isolierte RNA zeigt erheblich frühere Cq Werte verglichen mit der RNA, die mit dem FastGene^® RNA Premium Kit isoliert wurde.

Die Analyse zeigt, dass durch die spätere DNase Behandlung die DNA Kontamination der aufgereinigten RNA bei dem FastGene^® RNA Premium Kit viel geringer als bei dem Kit des Marktführers ausfällt.

Bild 4: Die Aufreinigung mit dem Kit des Mitbewerbers Q zeigt eine hohe Variabilität zwischen Versuch 1 und Versuch 2, welche wahrscheinlich auf eine geringere Enzymeffizienz zurückzuführen ist. Das FastGene^® RNA Premium Kit liefert reproduzierbar eine sehr reine RNA aufgrund der in Lösung anstatt auf der Membran stattfindenden DNase Behandlung.

FastGene^® Mini Elute Column – das Säulchen für die höchstmögliche Konzentration und Wiederfindungsrate

Die FastGene^® Mini Elute columns des FastGene^® RNA Premium Kits sind speziell entwickelte Säulchen mit einem einzigartigen Design, das es erlaubt ein minimales Elutionsvolumen von nur 10 µl einzusetzen. Dies garantiert hoch konzentrierte RNA Lösungen. Die Wiederfindungsrate mit >95% ist auch bei sehr geringem Elutionsvolumen sehr hoch. Bei diesen geringen Volumen erreicht nicht einmal der Marktführer solch eine hohe Ausbeute und Wiederfindungsrate, wie nachfolgende Grafiken zeigen.

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FAQ

Wie hoch ist die Bindungskapazität der RNA-Bindungssäule?

Die Bindungskapazität der RNA-Bindungssäule beträgt 500 µg.

Kann ich es für die RNA-Extraktion aus Blutproben verwenden?

FastGene^® RNA Basic wurde für tierisches Gewebe entwickelt und ist daher leider nicht mit der RNA-Aufreinigung aus Blutproben kompatibel.

Ich möchte das Elutionsvolumen im FastGene^® RNA Basic Kit unter die Standardmenge von 50 µL reduzieren, um die RNA anzureichern. Ist dies möglich?

Die Verringerung des Elutionsvolumens verringert die Wiederfindungsrate, aber eine Anreicherung der RNA ist möglich. Eigene Daten zeigen, dass die Wiederfindungsrate für 30 µL etwa 86% beträgt (die Konzentration ist etwa 1,49 mal höher als bei 50 µL), verglichen mit etwa 96% für das Elutionsvolumen von 50 µL.

Enthält der Lysepuffer RL Trizol oder eine gleichwertige chemische Lösung?

Der Lysepuffer enthält kein Trizol, da es sich nicht um eine Methode auf Chloroform-Phenol-Basis handelt. Er ist eine Mischung aus Detergenzien und chaotrophen Salzen.

Kann dieses Produkt für die Isolierung von RNA aus Drosophila verwendet werden?

Das sollte funktionieren.

Kann kann ich FastGene^® RNA Basic Kits für die RNA-Isolierung nach einer RNA-Immunpräzipitation verwenden?

Ja, Sie können FastGene^® RNA Basic nach einer RNA-Immunpräzipitation verwenden. Bitte beachten Sie die folgende Hinweise:

• Nach der RNA-Immunpräzipitation wird empfohlen, die Beads (mit dem Zielprotein) in dem mit dem Kit gelieferten RNA-Lysepuffer (RL) zu resuspendieren. Vergewissern Sie sich, dass der Puffer RL gemäß den Anweisungen mit einem Reduktionsmittel ergänzt wurde.
• Resuspendieren Sie die Beads durch etwa zehnmaliges Auf- und Abpipettieren.
• Zentrifugieren Sie das Lysat kurz ab und überführen Sie den Überstand in ein neues Tube. Achten Sie darauf, die Beads nicht zu überführen, da dies zu einer Verstopfung der Spin-Säule führen könnte.
• Fahren Sie wie in der Anleitung des Kits beschrieben fort.

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