Details
Zwei in einem − DNA-Reinigung aus Agarosegelen und PCR
FastGene® Gel/PCR Extraktions Kits wurden für die Extraktion von DNA aus Agarosegelen und für die Aufreinigung von Amplifikaten aus PCR Ansätzen entwickelt.
Mit FastGene® Gel/PCR Extraction Kits aufgereinigte DNA Fragmente sind ready-to-use für alle typischen Nachfolgeapplikationen, wie Sequenzierungen, Ligationen und Transformationen, Restriktionsverdau, Mikroarray Analysen, PCR, in-vitro Transkription, etc.
Einfacher Arbeitsablauf
Das FastGene® Gel/PCR Extraction Kit bietet Spin-Säulen, Puffer und Sammelröhrchen für die Aufreinigung von DNA-Fragmenten aus Agarosegelen und PCR-Produkten auf der Basis von Silikamembranen. Mit einem einfachen und schnellen Bind-Wash-Elute-Verfahren können Sie DNA im Bereich von 15 bp bis 10 kb mit einem Elutionsvolumen von 20-50 µL aufreinigen.
Kostenlose Beigabe
In jedem Kit sind 5 Agarosegel Band Cutter sowie 50 µl Midori Green Advance DNA Farbstoff (genug um 1 L Agarosegele anzufärben) mit inbegriffen.
Applikationen
Hohe Wiederfindung
Abbildung 1 demonstriert, dass die Wiederfindung des PCR Fragments mit dem FastGene® Gel/PCR Extraction Kit reproduzierbar bei 90% lag.
Fig. 1: Aufreinigung eines PCR-Ansatzes. Aus einer PCR Stocklösung mit 300 bp Fragment wurden jeweis 3 Alliquots à 40 µL mit dem FastGene® Gel/PCR Extraction Kit und dem Kit eines Wettbewerbers nach Herstellerangaben aufgereinigt. Die DNA wurde in 20 µL Puffer eluiert und je 5 µL der Eluate wurden zur Analyse auf ein 1,5%iges TAE Agarosegel aufgetragen.
Aufreinigung kleiner Fragmente
Die Wiederfindung der DNA nach Aufreinigung aus dem Agarosegel ist selbst für kleine Fragmente ausgezeichnet.
Fig. 2: Extraktion aus einem Agarosegel. Aus einer PCR Stocklösung mit 100 bp Amplikon wurden jeweils 10 µl auf ein TBE Agarosegel aufgetragen. Nach der Elektrophorese wurde die DNA mit dem FastGene® Gel/PCR Extraction Kit und dem Kit eines Wettbewerbers nach Herstellerangaben aufgereinigt. Die DNA wurde in 20 µl Puffer eluiert und anschließend 10 µl des Eluates zur Analyse auf ein 2%iges Agarosegel aufgetragen.
Spur 1: Kontrolle, unaufgereinigtes PCR Fragment
Spur M: Längenstandard
Spur 2, 3, 4: Wettbewerber M
Spur 5, 6, 7: FastGene Gel/PCR Extraction Kit
Aufreinigung großer Fragmente
Hintergrund:
Es ist ein bekanntes Problem, dass sich die Gewinnung von DNA-Fragmenten größer 1 kb als schwierig erweist und zum Verlust großer DNA-Mengen führt. In dieser AppNote wurde das FastGene® Gel/PCR Extraction Kit zur Isolierung von zwei DNA-Banden nach Restriktionsverdau verwendet.
Ergebnisse:
Beide Fragmente zeigen eine gute Wiederfindungsrate nach der Extraktion. Der Kunde hob auch die schnelle Aufbereitung, die einfache Handhabung, die hohe Wiederfindungsrate bei großen Fragmenten und die unproblematische Performance in nachgelagerten Anwendungen hervor.
Methode:
Ein 6,9 kb großes Plasmid wurde mit einem Restriktionsenzym verdaut. Der Restriktionsverdau wurde durch Agarosegelelektrophorese bei 100 V für 20 Minuten analysiert. Das 0,7% Agarosegel wurde unter Verwendung von 1x TAE-Puffer hergestellt (Abbildung 1). Die Zielfragmente wurden aus dem Gel ausgeschnitten und in ein 1,5-mL-Röhrchen überführt. Die Fragmente wurden mit dem FastGene® Gel/PCR Extraction Kit gereinigt. 100 ng jedes gereinigten DNA-Fragments wurden erneut 20 min bei 100 V elektrophoretisiert (Abbildung 2).
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Dr. Ivana Primorac, Universität Duisburg-Essen, Department of Molecular Genetics –
For a considerably lower price, this kit allows purification of PCR products, as well as recovery of DNA from an excised gel, with yields comparable to the more expensive kits on the market. The workflow is the same/very similar to those of other PCR/Gel extraction kits. I can only recommend it.
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