Enzyme-Finder

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Name Sequence ? Overhang Properties ? Isoschizomere
Aat II G↑ACGT↓C 3′ ACGT
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
ZraI*
Acc I GT↓MK↑AC 5′ MK
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
Bsh1236I, BspFNI, BstFNI, BstUI, MvnI
Acc III T↓CCGG↑A 5′ CCGG
  • 65°
  • AccIII
  • No
  • Dam
Aor13HI, BseAI, Bsp13I, BspEI, Kpn2I, MroI
Acu I CTGAAGN₁₄↑NN↓ 3′ NN
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
Eco57I
Afl II C↓TTAA↑G 5′ TTAA
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
BfrI, BspTI, BstAFI, MspCI, Vha464I
Age I A↓CCGG↑T 5′ CCGG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
AsiGI, BshTI, CspAI, PinAI
Alw I GGATCNNNN↓N↑ 5′ N
  • 37°
  • IV
  • No
  • Dam
  • FcB
AclWI, BspPI
Alw26 I GTCTCN↓NNNN↑ 5′ NNNN
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
BcoDI, BsmAI, BstMAI
Apa I G↑GGCC↓C 3′ GGCC
  • 25°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
Bsp120I*, PspOMI*
ApaL I G↓TGCA↑C 5′ TGCA
  • 37°
  • IV
  • No
  • CpG
  • FcB
Alw44I, VneI
Apo I R↓AATT↑Y 5′ AATT
  • 50°
  • III
  • 80°
  • FcB
AcsI, XapI
Asc I GG↓CGCG↑CC 5′ CGCG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
PalAI, SgsI
Ava I C↓YCGR↑G 5′ YCGR
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
Ama87I, BmeT110I, BsiHKCI, BsoBI, Eco88I
Ava II G↓GWC↑C 5′ GWC
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
Bme18I, Eco47I, SinI, VpaK11BI
Avr II C↓CTAG↑G 5′ CTAG
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • FcB
AspA2I, BlnI, XmaJI
Bal I TGG⇅CCA Blunt
  • 37°
  • BalI
  • 65°
  • Dcm
MlsI, MluNI, Mox20I, MscI, Msp20I
BamH I G↓GATC↑C 5′ GATC
  • 37°
  • BamHI
  • No
  • FcB
-
Bcl I T↓GATC↑A 5′ GATC
  • 50°
  • III
  • No
  • Dam
  • FcB
FbaI, Ksp22I
Bgl I GCCN↑NNN↓NGGC 3′ NNN
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • FcB
-
Bgl II A↓GATC↑T 5′ GATC
  • 37°
  • III
  • No
  • FcB
-
Bsa I GGTCTCN↓NNNN↑ 5′ NNNN
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
Bso31I, BspTNI, Eco31I
BsaW I W↓CCGG↑W 5′ CCGG
  • 60°
  • IV
  • 80°
  • FcB
-
BsiW I C↓GTAC↑G 5′ GTAC
  • 55°
  • III
  • 80°
  • CpG
  • FcB
Pfl23II, PspLI
BsmB I CGTCTCN↓NNNN↑ 5′ NNNN
  • 55°
  • III
  • 80°
  • CpG
  • FcB
Esp3I
BsoB I C↓YCGR↑G 5′ YCGR
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • FcB
Ama87I, AvaI, BmeT110I, BsiHKCI, Eco88I
BspE I T↓CCGG↑A 5′ CCGG
  • 37°
  • III
  • 80°
  • CpG
  • Dam
  • FcB
AccIII, Aor13HI, BseAI, Bsp13I, Kpn2I, MroI
BsrF I R↓CCGG↑Y 5′ CCGG
  • 37°
  • IV
  • No
  • CpG
  • FcB
Bse118I, BssAI, Cfr10I
BstY I R↓GATC↑Y 5′ GATC
  • 60°
  • II
  • 80°
  • FcB
BstX2I, MflI, PsuI
BtsC I GGATG↑NN↓ 3′ NN
  • 50°
  • IV
  • 80°
  • FcB
BseGI, BstF5I, FokI*
Cfr10 I R↓CCGG↑Y 5′ CCGG
  • 37°
  • Cfr10I
  • No
  • CpG
  • FcB
Bse118I, BsrFI, BssAI
Cfr42 I CC↑GC↓GG 3′ GC
  • 37°
  • I
  • 65°
  • CpG
  • FcB
KspI, SacII, Sfr303I, SgrBI
Cfr9 I C↓CCGG↑G 5′ CCGG
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
SmaI*, TspMI, XmaI
Cla I AT↓CG↑AT 5′ CG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • Dam
  • FcB
Bsa29I, BseCI, BshVI, BspDI, Bsu15I, BsuTUI
CviA I ↓GATC↑ 5′ GATC
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • Dam
  • FcB
-
Dde I C↓TNA↑G 5′ TNA
  • 37°
  • III
  • 65°
  • FcB
BstDEI, HpyF3I
Dpn I GA⇅TC Blunt
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • FcB
MalI
Dpn II ↓GATC↑ 5′ GATC
  • 37°
  • DpnII
  • 65°
  • Dam
  • FcB
Bsp143I, BssMI, BstKTI*, BstMBI, Kzo9I, MboI, NdeII, Sau3AI
Dra I TTT⇅AAA Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
-
Eag I C↓GGCC↑G 5′ GGCC
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • FcB
BseX3I, BstZI, EclXI, Eco52I
Eco47 I G↓GWC↑C 5′ GWC
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
AvaII, Bme18I, SinI, VpaK11BI
EcoN I CCTNN↓N↑NNAGG 5′ N
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
BstENI, XagI
EcoO109 I RG↓GNC↑CY 5′ GNC
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • Dcm
  • FcB
-
EcoR I G↓AATT↑C 5′ AATT
  • 37°
  • EcoRI
  • 65°
  • CpG
  • FcB
-
EcoR V GAT⇅ATC Blunt
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • FcB
Eco32I
EcoT38 I G↑RGCY↓C 3′ RGCY
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
BanII, Eco24I, FriOI
Esp3 I CGTCTCN↓NNNN↑ 5′ NNNN
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
BsmBI
Fok I GGATGN₉↓NNNN↑ 5′ NNNN
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
BseGI*, BstF5I*, BtsCI*
Fsp I TGC⇅GCA Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
Acc16I, NsbI
Hae II R↑GCGC↓Y 3′ GCGC
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
BfoI, BstH2I
Hae III GG⇅CC Blunt
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • FcB
BshFI, BsnI, BimgI, BsuRI
Hga I GACGCN₅↓NNNNN↑ 5′ NNNNN
  • 37°
  • I
  • 65°
  • CpG
  • FcB
CseI
Hinc II GTY⇅RAC Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
HindII
XmaI C↓CCGG↑G 5′ CCGG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
Cfr9I, SmaI*, TspMI
Hind II GTY⇅RAC Blunt
  • 37°
  • II
  • 65°
  • CpG
  • FcB
HincII
Hind III A↓AGCT↑T 5′ AGCT
  • 37°
  • II
  • 80°
  • FcB
-
Hinf I G↓ANT↑C 5′ ANT
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
-
HinP1 I G↓CG↑C 5′ CG
  • 37°
  • II
  • 65°
  • CpG
  • FcB
AspLEI*, BstHHI*, CfoI*, HhaI*, Hin6I, HspAI
Hpa I GTT⇅AAC Blunt
  • 37°
  • IV
  • No
  • CpG
  • FcB
KspAI
Hpa II C↓CG↑G 5′ CG
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
BsiSI, HapII, MspI
Hph I GGTGAN₇↑N↓ 3′ N
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • Dam
  • FcB
AsuHPI
Hpy188 I TC↑N↓GA 3′ N
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • Dam
  • FcB
-
Hpy99 I ↑CGWCG↓ 3′ CGWCG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
-
HpyCH4 V TG⇅CA Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
HpySE526I, MaeII, TaiI*
Kpn I G↑GTAC↓C 3′ GTAC
  • 37°
  • I
  • No
  • FcB
Acc65I*, Asp718I*
Kpn2 I T↓CCGG↑A 5′ CCGG
  • 55°
  • I
  • 80°
  • CpG
  • FcB
AccIII, Aor13HI, BseAI, Bsp13I, BspEI, MroI
Lsp1109 I GCAGCN₈↓NNNN↑ 5′ NNNN
  • 37°
  • III
  • 65°
  • FcB
BbvI, BseXI, BstV1I
Mbo I ↓GATC↑ 5′ GATC
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • Dam
  • FcB
Bsp143I, BssMI, BstKTI*, BstMBI, DpnII, Kzo9I, NdeII, Sau3AI
Mbo II GAAGAN₇↑N↓ 3′ N
  • 37°
  • II
  • 65°
  • Dam
  • FcB
-
Mlu I A↓CGCG↑T 5′ CGCG
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • FcB
-
Xho I C↓TCGA↑G 5′ TCGA
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
PaeR7I, Sfr274I, SlaI
Mnl I CCTCN₆↑N↓ 3′ N
  • 37°
  • II
  • 65°
  • FcB
-
Mse I T↓TA↑A 5′ TA
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
SaqAI, Tru1I, Tru9I
Msp I C↓CG↑G 5′ CG
  • 37°
  • IV
  • No
  • FcB
BsiSI, HapII, HpaII
MspA1 I CMG⇅CKG Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
-
Mun I C↓AATT↑G 5′ AATT
  • 37°
  • II
  • 65°
  • FcB
MfeI
Nae I GCC⇅GGC Blunt
  • 37°
  • I
  • 65°
  • CpG
  • FcB
MroNI*, NgoMIV*, PdiI
Nco I C↓CATG↑G 5′ CATG
  • 37°
  • III
  • 65°
  • FcB
Bsp19I
Nde I CA↓TA↑TG 5′ TA
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
FauNDI
NgoM IV G↓CCGG↑C 5′ CCGG
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
MroNI, NaeI*, PdiI*
Nhe I G↓CTAG↑C 5′ CTAG
  • 37°
  • II
  • 65°
  • CpG
  • FcB
AsuNHI, BmtI*, BspOI*
Nla IV GGN⇅NCC Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
BmiI, BspLI, PspN4I
Not I GC↓GGCC↑GC 5′ GGCC
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • FcB
CciNI
Nru I TCG⇅CGA Blunt
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • Dam
  • FcB
Bsp68I, BtuMI, RruI
Nt.BstNB I GAGTCNNNN↓ Nicht vorhanden
  • 55°
  • III
  • 80°
  • FcB
-
PaeR7 I C↓TCGA↑G 5′ TCGA
  • 37°
  • IV
  • No
  • CpG
  • FcB
Sfr274I, SlaI, XhoI
PflM I CCAN↑NNN↓NTGG 3′ NNN
  • 37°
  • III
  • 65°
  • Dcm
  • FcB
AccB7I, Van91I
Ple I GAGTCNNNN↓N↑ 5′ N
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
MlyI*, PpsI, SchI*
PluT I G↑GCGC↓C 3′ GCGC
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
DinI*, EgeI*, EheI*, KasI, SfoI*
PspG I ↓CCWGG↑ 5′ CCWGG
  • 37°
  • IV
  • No
  • Dcm
AjnI, BciT130I*, BseBI*, BstNI*, Bst2UI*, EcoRII, MvaI*, Psp6I
Pst I C↑TGCA↓G 3′ TGCA
  • 37°
  • III
  • 80°
  • FcB
BspMAI
Xba I T↓CTAG↑A 5′ CTAG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • Dam
  • FcB
-
Tth111 I GACN↓N↑NGTC 5′ N
  • 65°
  • IV
  • No
  • FcB
PflFI, PsyI
TspM I C↓CCGG↑G 5′ CCGG
  • 75°
  • IV
  • No
  • CpG
  • FcB
Cfr9I, SmaI*, XmaI
Taq I T↓CG↑A 5′ CG
  • 65°
  • III
  • 80°
  • Dam
  • FcB
-
Swa I ATTT⇅AAAT Blunt
  • 25°
  • III
  • 65°
  • FcB
SmiI
Pvu I CG↑AT↓CG 3′ AT
  • 37°
  • III
  • No
  • CpG
  • FcB
Ple19I
Pvu II CAG⇅CTG Blunt
  • 37°
  • II
  • No
  • FcB
-
Rsa I GT⇅AC Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
AfaI, Csp6I*, CviQI*, RsaNI*
Sac I G↑AGCT↓C 3′ AGCT
  • 37°
  • I
  • 65°
  • FcB
Ecl136II*, EcoICRI*, Eco53kI*, Psp124BI, SstI
Sac II CC↑GC↓GG 3′ GC
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
Cfr42I, KspI, Sfr303I, SgrBI
Sal I G↓TCGA↑C 5′ TCGA
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • FcB
-
Sau96 I G↓GNC↑C 5′ GNC
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
AspS9I, BmgT120I, Cfr13I, PspPI
Sbf I CC↑TGCA↓GG 3′ TGCA
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • FcB
SdaI, Sse8387I
Sca I AGT⇅ACT Blunt
  • 37°
  • III
  • 80°
  • FcB
ZrmI
Sda I CC↑TGCA↓GG 3′ TGCA
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • FcB
SbfI, Sse8387I
Sfi I GGCCN↑NNN↓NGGCC 3′ NNN
  • 50°
  • II
  • No
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
-
SgrA I CR↓CCGG↑YG 5′ CCGG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
-
Sma I CCC⇅GGG Blunt
  • 25°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
Cfr9I*, TspMI*, XmaI*
SnaB I TAC⇅GTA Blunt
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
BstSNI, Eco105I
Spe I A↓CTAG↑T 5′ CTAG
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • FcB
AhlI, BcuI
Sph I G↑CATG↓C 3′ CATG
  • 37°
  • II
  • 65°
  • FcB
PaeI
Sse9 I ↓AATT↑ 5′ AATT
  • 55°
  • I
  • 65°
  • FcB
MluCI, TasI
Ssp I AAT⇅ATT Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
-
Stu I AGG⇅CCT Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • Dcm
  • FcB
Eco147I, PceI, SseBI
StyD4 I ↓CCNGG↑ 5′ CCNGG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
Bme1390I*, BmrFI*, BstSCI, MspR9I*, ScrFI*

Double digest − Buffer compatibility chart

Performing two digestions simultaneously saves a lot of time.

Check the buffer compatibility at the FastGene® Double Digest Chart:

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